انجمن مهندسي پزشكي ايران از آبان ماه 1380 به منظور دست‌يابي به اهداف ذيل تاسيس شد:

علم و رشته مهندسي پزشكي زيستي، به زبان ساده كاربرد مهندسي در پزشكي است و بصورت ذيل تعريف ميشود:

"تلفيق علوم مهندسي و پزشكي است كه در بكارگيري مهارت‌هاي مهندسي در علوم پزشكي به منظور حمايت و توسعة خدمات تشخيصي و درماني منطبق با اصول علمي فعاليت مي‌كنند. شاخه‌اي (گرايشي) از اين رشته (مهندسي پزشكي باليني) به جنبه‌هاي باليني خدمات درماني و نگهداري بيمار نيز مي‌پردازد. در واقع مهندس پزشك فردي است كه با بكار گرفتن مهارت‌هاي مهندسي، مديريتي و فنآوري‌هاي مرتبط، مراقبت از سلامتي را افزايش مي‌دهد و ارزيابي مديريتي و حل كردن مشكلات مربوطه را در محيط‌هاي علمي، باليني و پزشكي بر عهده دارد."

اين رشته ميان رشته‌اي هنوز هم در معرض نقد و بررسي جهت تبيين نقاط ضعف و قوت و پيآمدها و عوارض احتمالي است. به هر حال يكي از مشكلات و مسايل اين رشته در جهان با همان ديدگاه انتقادي، تعريف دقيق رشته است و در ايران علاوه بر اين ضعف، مشكل معادل سازي گرايش‌هاي آن نيز افزون بر ماجراست. بسياري از صاحب نظران، حد و مرز مشخصي براي اين رشته در نظر مي‌گيرند، ولي نظرات متعددي از طرف آنها مطرح است كه به عدم توافق در تعريف يكسان براي اين رشته در سطح جهاني مي‌انجامد. در هر صورت، سه واژة كلي زير براي عنوان اين رشته بصورت عام مطرح است كه البته هر كدام به صورت جداگانه تعريف مي‌شود:

1. مهندسي زيست‌پزشكي (بطور مثال: بيوالكتريك، بيومكانيك، بيو مواد و....)،

2. مهندسي زيستي (بطور مثال مهندسي بافت، مهندسي سلولي و مولكولي و....)،

3. مهندسي باليني (مهندسي بيمارستاني، مهندسي توانبخشي، مهندسي ورزش،انفورماتيك پزشكي،سلامت الكترونيكي و.).

جامع‌ترين واژه در ميان اين سه واژه، مهندسي بيومديكال (مهندسي زيست‌پزشكي) است. به طور كلي مهندسي زيست‌پزشكي، مجموعه‌اي منحصر به فرد و تلفيقي از شاخه‌هاي مهندسي، علوم پايه، علوم پزشكي و زيست‌شناسي است. به بيان ديگر، مهندسي زيست‌پزشكي، كاربرد مهندسي در علوم و تجهيزات پزشكي است كه از طريق مطالعة اصول، عملكرد و رفتار سيستم‌هاي زنده و بكارگيري اطلاعات و نتايج حاصله به تشخيص و درمان بيماري‌ها و همچنين جايگزيني اندام‌هاي صدمه ديده مي‌پردازد و پلي ارتباطي ميان پزشكي و مهندسي است كه در تجهيزات پزشكي نمود پيدا مي‌كند. البته در ايران بطور خاص نيز به نام مهندسي پزشكي شناخته مي‌شود.

اما بطور معمول عنوان دوم (مهندسي زيستي) را يك علم بنيادي و متمايل به پژوهش‌هايي مي‌دانند كه امكانات و مفاهيم علوم فيزيكي و شيميائي را در جهت درك بهتر دربارة سيستم‌هاي بيولوژيكي و فيزيكي بكار مي‌گيرد، اين دانش بطور اساسي به مسايل كلينيكي نمي‌پردازد.

واژة سوم (مهندسي باليني) كه شباهت‌هايي به مورد اول دارد، اساساً شاخه‌اي از علم است كه با بكارگيري مهارت‌هاي مهندسي، مديريتي و فنآوري در بهداشت و درمان به منظور حمايت و توسعة خدمات تشخيصي و درماني فعاليت مي‌كند. يك مهندس باليني به عنوان يك متخصص، عضو مجموعه كادر بيمارستاني و مراكز آموزشي درماني است و وظايفي را نظير ارزيابي، انتخاب و نظارت بر بكارگيري صحيح و ايمن فنآوري پزشكي، مديريت تجهيزات (خريد، تعمير، نگهداري، كنترل كيفيت و توسعه)، آموزش كاربردي صحيح دستگاه‌ها و مديريت اطلاعات بيمارستاني و طراحي سيستم‌هاي مهندسي كه به صورت تجاري در دسترس نيستند بر عهده مي‌گيرد

- تاريخچة مهندسي پزشكي و گرايش‌هاي آموزشي  مهندسي زيست‌پزشكي در ايران

در ايران، برنامه‌ريزي آموزشي در رشتة مهندسي پزشكي از اوايل انقلاب  (سال 1359) در ستاد انقلاب فرهنگي و در گروه برنامه‌ريزي پزشكي، با هدف تربيت متخصص تعمير و نگهداري لوازم پزشكي، آغاز شد. در آن زمان، مفهوم و جايگاه رشتة مهندسي پزشكي و ابعاد و وجوه مختلف آن در سطح مملكت و حتي در مراكز آموزش عالي و گروه‌هاي برنامه‌ريزي آموزش عالي مشخص و روشن نبود. اما حجم عظيم دستگاه‌ها و وسايل پزشكي كه در انبارهاي مراكز كلينيكي و درماني جمع آوري شده بود، ضرورت تربيت نيروي متخصص تعمير و نگهداري را به منظور حل مشكل دستگاه‌ها و وسايل از كار افتاده پزشكي ايجاب كرد. بر مبناي اين نياز و با هدف تربيت تكنسين تعميركار و بهره‌بردار وسايل پزشكي برنامه‌ريزي مقطع فوق ديپلم و حداكثر كارشناسي اين رشته مطرح شد. ابتدا مدت قابل ملاحظه‌اي وقت، مصروف آمارگيري و جمع آوري اطلاعات دربارة كيفيت و كميت وسايل پزشكي مورد نياز، خصوصاً آنها كه نياز به تعمير نگهداري دارند، شد. در مرحلة بعد، اين دستگاه‌ها به لحاظ نوع و همچنين ارتباط آنها با زمينه‌هاي علمي و مهندسي دسته‌بندي شدند، كه بالاخره اين فعاليت‌ها منجر به پيشنهاد و ارائه برنامه آموزشي دورة كارداني الكترونيك پزشكي و همچنين دورة الكترومكانيك پزشكي شد. تعريف و هدف دوره كارداني الكترونيك عبارت بود از: تربيت نيروي انساني متخصص فني مورد نياز بيمارستان‌ها و آزمايشگاه‌هاي پزشكي كه بتواند دستگاه‌هاي الكترونيكي، باليني (كلينيكي) و آزمايشگاهي را راه اندازي، نگهداري، تنظيم و تعمير كند. نظير چنين تعريفي براي دورة كارداني الكترومكانيك نيز آمده بود. اين دوره‌ها هر كدام مشتمل بر 82 واحد مورد نياز براي تمام دوره و به طور متوسط براي مدت دو سال برنامه‌ريزي شده بود. اين برنامه‌ها به صورت ناقص و پراكنده در مراكز پيراپزشكي مورد توجه و اجرا قرار گرفته، اما به صورتي قطعي و جدي با آنها برخورد نشده است.

در عوض برخي از مراكز آموزش عالي و حتي بخش جهاد خود كفايي وزارت بهداشت، اقدام به داير كردن دوره‌هاي كوتاه مدت و دادن آموزش‌‌هاي مقطعي جهت ايجاد كارايي در شناخت، تعمير و نگهداري وسايل پزشكي كردند، كه البته اين دوره‌ها به عنوان مقاطع رسمي آموزش عالي تلقي نمي‌شد، بلكه گذراندن آنها به اخذ مجوز داخلي از مركز مربوطه مي‌انجاميد.

در سال 1363 رئيس بخش مهندسي پزشكي سازمان پژوهش‌هاي علمي و صنعتي ايران كه فردي مطلع و علاقه‌مند به اين تخصص بود، پيشنهاد برنامة آموزشي مقطع كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي را به گروه فني و مهندسي ستاد انقلاب فرهنگي ارائه كرد و در تاريخ 13/5/63 توافق اصولي براي تأسيس اين مقطع، يعني كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي را دريافت كرد. تا اين زمان هيچ گروهي مدعي داير كردن مقطع كارشناسي براي اين رشته نبود، بلكه بحث‌هايي در اين مورد وجود داشت كه آيا متوليان آموزش در زمينة اجراي تخصصي مهندسي پزشكي بايد مراكز آموزش عالي مهندسي باشند يا مراكز آموزش عالي. در واقع، در مورد تعريف و تعيين جايگاه مهندسي پزشكي، مهندسي باليني (كلينيكي) و مهندسي بيمارستاني، اختلاف عقيدة ناشي از عدم درك صحيح اين تخصص‌ها وجود داشت و لذا ارائة برنامة پيشنهادي و بخش‌هاي مرتبط با دائر كردن دوره‌هاي آموزشي تخصصي مهندسي پزشكي عموماً به اتفاق نظر روشن و مشخصي منجر نمي‌شد. در سال 1365 (در روزهاي 2/12/65 و 7/12/65)، در جلساتي با شركت برخي از دست اندركاران مهندسي و همچنين پزشكي، طرح پيشنهادي دانشگاه صنعتي شريف در مورد دورة آموزشي كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي مورد بحث و بررسي قرار گرفت. در اين بحث‌ها اختلاف نظر ناشي از ديدگاه‌هاي مختلف در مورد جايگاه مهندسي پزشكي كاملاً مطرح بود. افرادي كه به فضاي علم پزشكي مرتبط بودند، در واقع سعي بر اين داشتند كه محتواي برنامه را بيشتر رنگ و طعم پزشكي بدهند و مهندسي كلينيكي را ترويج و تأييد مي‌كردند؛ از سوي ديگر افراد وابسته به فضاي علمي و مهندسي سعي داشتند كه برنامه را با محدوديت مطالب و دروس مهندسي به تصويب برسانند و جنبة كلينيكي برنامه را كم رنگ‌تر كنند.

بالاخره، يكي از نتايج اين بحث‌ها منجر به عقد قرار دادي بين دانشگاه صنعتي شريف  (دانشكدة مهندسي برق) و دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي (دانشكدة پزشكي) شد، كه طبق آن براي اولين بار توافق شد كه دانشجويان كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي با مسئوليت هر دو دانشگاه  (اگرچه دو مركز آموزشي عالي وابسته به دو وزارتخانه مختلف و جدا از هم‌اند) تربيت و فارغ التحصيل شوند. اين قرارداد بعدها، چه در اجراي برنامة آموزشي دوره و چه در زمان فارغ التحصيلي دانشجويان، مشكلات و نارسايي‌هايي را بوجود آورد، كه به نوبة خود تأئيد كنندة آن بود كه قرار داد فوق و برنامة تنظيم شدة آموزشي دورة كارشناسي ارشد تحت پوشش اين قرار داد، از اشكالات و ابهاماتي برخوردار بوده است و لذا اين قرار داد فسخ شد و بنابر تصويب شورايعالي برنامه‌ريزي، كه در آن نمايندگان وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي اعم از معاونان اين وزارتخانه و سرپرست گروه برنامه‌ريزي پزشكي حضور داشتند، مقرر شد كه رشتة مهندسي پزشكي به وزارت فرهنگ و آموزش عالي و رشته‌هاي مهندسي وابسته به اين وزارت مربوط است و وزارت بهداشت مي‌تواند برنامه‌هاي خاص خود را در مورد اين رشته تنظيم و به تصويب برساند.

در سال 1366 اولين دانشجويان كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي طبق برنامة فوق، و بر مبناي قرار داد بين دانشگاه صنعتي شريف و دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي، در دو زمينة بيوالكتريك (وابسته به دانشكده مهندسي برق با 5 نفر دانشجو) و بيومكانيك (وابسته به دانشكدة مهندسي مكانيك با 5 نفر دانشجو) از طريق كنكور پذيرفته شدند.

لازم به ياد آوري است در آن سالها متأسفانه در زمينة بيومواد در كليه مقاطع آموزشي به لحاظ كمبود كادر متخصص و عدم پيگيري و توجه كافي مراكز و افراد ذينفع برنامه‌اي تهيه و اجرا نشده و حتي در قلمرو پژوهش عليرغم نياز شديد مملكت به آن، تحرك و اقدام قابل ملاحظه‌اي به چشم نمي‌خورد.

در تاريخ هشتم و نهم آذر ماه 1366، اولين كنفرانس بررسي مسائل مهندسي پزشكي در ايران و جهاندر دانشگاه صنعتي امير كبير و با مسئوليت اجرايي اعضاي گروه پروژة دست سيبرنتيك تهران، كه شكل گرفته بود و كار تحقيقاتي در مورد دست مصنوعي براي جانبازان و معلولين را به پيش مي‌برد، برگزار شد. اين كنفرانس نقطة عطف بارزي در تشخيص و تعيين دقيق معني و مفهوم رشته مهندسي پزشكي در ايران، تسريع حركت صحيح آموزشي و پژوهشي در راستاي شناخت واقعي اين رشته و نياز مملكت به آن و برانگيختن و اميد بخشيدن به نيرو‌هاي علاقه‌مند و قابل، جهت توسعة رشتة مهندسي پزشكي بود، در اين كنفرانس صاحب نظران، چه در داخل و چه در خارج مملكت نقطه نظرهاي خود را به صورت مقالاتي در ابعاد مختلف مسائل مهندسي پزشكي ارائه كردند، كه به صورت دو كتابچه جلد اول و دوم انتشار يافت. برخي از عناويني كه در اين كنفرانس عرضه شد عبارت بود از:

جايگاه مهندسي پزشكي و آموزش آن در جهان و ايران؛

آموزش فيزيك پزشكي، مقدمه‌اي بر آموزش مهندسي پزشكي است؛

چگونه به مسئلة مهندسي پزشكي در ايران بيانديشيم؛

نقش آموزش و پژوهش مهندسي پزشكي در پيشرفت صنايع ساخت تجهيزات پزشكي در جهان؛

نقش آموزش پزشكي در ايجاد و پيشرفت تجهيزات مهندسي پزشكي؛

از جمله نتايج اين اولين كنفرانس مهندسي پزشكي ، برقراري مقطع آموزشي كارداني تجهيزات پزشكي طبق برنامه پيشنهادي و وابسته به وزارت بهداشت از نظر اجرايي بود و در مورد مقطع كارشناسي مهندسي پزشكي، نظر بر اين بود كه فعلاً ضرورتي ندارد، بلكه احتمالاً در اين مقطع برقراري يك دورة آموزشي مهندسي كلينيكي مناسب تر است. براي مقاطع كارشناسي ارشد، ضمن تأييد و تأكيد بر ضرورت داير كردن آن، دو برنامة پيشنهادي، يكي تحت عنوان كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي و ديگري به نام كارشناسي ارشد مهندسي كلينيكي كه اولي وابسته به وزارت فرهنگ و آموزش عالي و دومي وابسته به وزارت بهداشت است معرفي شد و در جمعبندي اين همايش، مقطع دكتراي مهندسي پزشكي خصوصاً به منظور تأمين كادر متخصص و تقويت بنية تحقيقاتي در زمينة مهندسي پزشكي و شروع هر چه زودتر اين مقطع،  لازم و تاكيد شد..

با توجه به نتايج اين كنفرانس، دانشگاه صنعتي امير كبير، در سال 1367 اولين دانشجوي دكتراي مهندسي پزشكي (بيوالكتريك) را كه از نظر اجرايي به دانشكدة مهندسي برق اين دانشگاه وابسته بود از طريق كنكور و طبق برنامة آموزشي پيشنهادي پذيرفت. اين دانشجو، كه دورة كارشناسي ارشد پژوهشي خود را با تخصص الكترونيك طي كرده، اما به لحاظ علاقه‌اش پروژة خود را دربارة موضوع الكتروكارديوگرام كامپيوتري با موفقيت چشمگيري گذرانده بود، در واقع توانست نقش مناسب مهندسي پزشكي خود را ايفا كند، و حتي پروژه‌اش در جشنوارة خوارزمي برندة دوم تحقيق در رشتة مهندسي پزشكي شد. بدين ترتيب، دورة دكتراي مهندسي پزشكي با دانشجويي كه شرايط پيش نياز را در حداقل لازم جهت ورود به مقطع دكترا فراهم داشت، آغاز شد. سال‌هاي بعد، نيز كنكور دورة دكتراي مهندسي پزشكي برگزار و دانشجو در اين مقطع پذيرفته شد، و علاوه بر دانشگاه صنعتي امير كبير دانشگاه تربيت مدرس نيز پنج دانشجوي دكتراي مهندسي پزشكي را در سال 1369 پذيرش كرد. هم اكنون دوره دكتراي مهندسي پزشكي با گرايش بيومواد، بيومكانيك و بيوالكتريك در دانشگاه صنعتي امير كبير و دانشگاه آزاد اسلامي واحد علوم و تحقيقات در دانشكدة مهندسي پزشكي و ديگر مؤسسات آموزش عالي كشور در دانشكده‌هاي مرتبط با هر گرايش در حال اجرا است.

در مورد برنامه‌هاي آموزشي مقطع كارشناسي ارشد مهندسي پزشكي، با توجه به طرح‌هاي متعدد ارائه شده و پس از بررسي‌هاي كارشناسي در كميتة برق گروه فني و مهندسي شورايعالي برنامه‌ريزي بالاخره در جلسة مورخ 10/4/68، شورايعالي برنامه‌ريزي برنامة دو گرايش مهندسي پزشكي يعني كارشناس ارشد بيوالكتريك و بيومكانيك را تصويب و با امضاي وزير محترم فرهنگ و آموزش عالي رسماً به دانشگاه‌ها ابلاغ كرد.

اين برنامه نواقص برنامه‌هاي قبلي را ندارد و انطباق صحيح‌تر و كامل‌تري بر معني و مفهوم درست مهندسي پزشكي و جايگاه آن دارد. با اتكا به اين برنامه مصوب و رسمي، دانشگاه صنعتي اميركبير اقدام به پذيرش دانشجوي كارشناسي ارشد بيوالكتريك كرد، كه در سال 1369 از طريق كنكور تعدادي دانشجوي كارشناسي ارشد بيوالكتريك وابسته به دانشكدة مهندسي برق اين دانشگاه، پذيرفته و مشغول به تحصيل شدند.

در حال حاضر دانشگاه‌ها در مقطع كارشناسي ارشد، مهندسي پزشكي در سه گرايش بيوالكتريك، بيومكانيك و بيومواد دانشجو دارند كه در دانشگاه‌هاي تهران، صنعتي اميركبير، صنعتي شريف، علم و صنعت، علوم پزشكي تهران، تربيت مدرس، دانشگاه شاهد، دانشگاه خواجه نصير، دانشگاه علوم پزشكي اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامي (واحد علوم و تحقيقات تهران و واحد مشهد) تحصيل مي‌كنند.

در سال 1372 در گروه برنامه‌ريزي پزشكي، وابسته به وزارت بهداشت و درمان، با شركت و همكاري تعدادي از برنامه‌ريزان رشتة مهندسي پزشكي، برنامه تربيت تكنولژيست وسائل پزشكي (در مقطع كارشناسي كاربردي) مورد بررسي و تصويب قرار گرفت، كه در واقع همان هدفي را كه در نتايج كنفرانس مهندسي پزشكي سال 1366 و در قسمت مربوط به تربيت كاردان با تخصص تعمير، نگهداري و بهره برداري از وسائل پزشكي ذكر شده است دنبال كند، كه متأسفانه به نتايج مناسبي دست نيافت.

در سال 1369، بالاخره شورايعالي برنامه‌ريزي در تاريخ 17/04/69 مشخصات كلي، برنامه‌ها و سر فصل دروس دورة دكتراي مهندسي برق را، كه ضمن آن مهندسي بيوالكتريك، يكي از رشته‌هاي تخصصي برق، در كنار الكترونيك، قدرت، كنترل و غيره بود، تصويب و به دانشگاه‌ها ابلاغ كرد.

دوره كارشناسي مهندسي پزشكي اولين بار در دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي و دانشگاه آزاد اسلامي واحد تهران جنوب در سال 1372 به پذيرش دانشجوي دورة شبانه و روزانه پرداختند و در سال 1374 اولين دانشجويان كارشناسي از طريق كنكور سراسري در دانشكده مهندسي پزشكي دانشگاه صنعتي اميركبير پذيرفته شدند و به دنبال آن دانشگاه‌ سهند تبريز، دانشگاه اصفهان، دانشگاه شاهد و دانشگاه آزاد اسلامي واحد علوم و تحقيقات (و همچنين واحدهاي دزفول، مشهد، قزوين، تبريز و خميني‌شهر و ...) دوره‌هاي كارشناسي مهندسي پزشكي را داير كردند و در سال 1389 درخواست تأسيس اين دوره براي ديگر دانشگاه‌ها در حال بررسي است وشاهد گسترش،  تصويب و راه اندازي اين دوره با سرعت هر چه تمام در سطح كشور هستيم. دانشگاه‌هاي مختلف آموزش عالي كشور  بخش دولتي و غير دولتي در سه گرايش و سه مقطع به فعاليت آموزشي و پژوهشي معمول در زمينة مهندسي پزشكي پرداخته‌اند. و ليكن در حال حاضر با توجه به كاربردي بودن رشتة مهندسي پزشكي در عرصة بهداشت و درمان گرايش چهارم اين رشته در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي در مقطع كارشناسي ارشد و در دانشگاه آزاد اسلامي با نام مهندسي پزشكي باليني در مقطع كارشناسي مصوب شده و برنامه درسي آن براساس آخرين يافته‌هاي علمي- آموزشي در حال شكل‌گيري است. همچنين، گرايش انفورماتيك پزشكي در مقطع كارشناسي ارشد در وزارت بهداشت مراحل نهايي شكل‌گيري خود را طي كرده است. همچنين رشته‌ةاي مهندسي ورزش و مهندسي توانبخشي در مقاطع كارشناسي و كارشناسي ارشد در دانشگاه صنعتي اميركبير و دانشگاه آزاد اسلامي تأسيس شده و در حال پذيرش دانشجو هستند و مهندسي بافت نيز در چندين دانشگاه كشور مصوب شده است.

 همايش‌هاي مهندسي زيست‌پزشكي در ايران

تا كنون هفده كنفرانس و همايش علمي و با هدف گسترش مرزهاي دانش فني و تبادل نظر علمي- كاربردي در زمينه‌هاي مختلف مهندسي پزشكي، در راستاي تقويت پل ارتباطي بين محققين، صنعتگران و متخصصين مراكز درماني و هماهنگي و همفكري در زمينه‌هاي مؤسسات آموزشي- پژوهشي كشور برگزار شده است. كنفرانس­هاي مرتبط با حوزه مهندسي پزشكي عبارتند از: كنفرانس مهندسي پزشكي ايران، كنفرانس سلامت الكترونيكي و كاربرد ICTدر پزشكي وهمايش مهندسي توانبخشي ايران، همچنين در سال جاري اولين كنفرانس بيوالكترومغناطيس در دانشگاه قزوين برگزار شد .